Распоряжение о строительстве Мечети Гейдара было дано сыном и преемником Гейдара Алиева, президентом Азербайджана Ильхамом Алиевым, в середине 2012 года. Строительные работы были начаты в сентябре 2012 года и завершены в рекордно короткие сроки в конце 2014 года.

26 декабря 2014 года состоялась официальная церемония открытия мечети, в которой приняли участие глава Азербайджанской Республики Ильхам Алиев, его супруга Мехрибан Алиева, председатель Координационного совета муфтиев Северного Кавказа и муфтий Карачаево-Черкесии Исмаил Бердыев, Глава Бакинской и Азербайджанской епархии Русской православной церкви — отец Александр, председатель Бакинской религиозной общины горских евреев Мелих Евдаев, полномочный представитель Управления мусульман Кавказа в Российской Федерации Шафик Пшихачев и председатель Управления мусульман Кавказа шейх уль-ислам Аллахшукюр Пашазаде.

Общая площадь мечети вместе с прилегающей территорией составляет 12.000 м². Площадь самой мечети 4200 м². Фасад облицован специальным камнем в стиле Ширван-Абшеронской архитектуры. Высота каждого из четырёх минаретов составляет 95 метров. Внутри мечети использованы специальные элементы украшения, а по краям купола высечены аяты из священного Корана. Высота основного купола 55 метров, второго купола — 35 метров.

Мечеть Биби-Эйбат (азерб. Bibiheybət məscidi) — шиитская мечеть, расположенная на берегу Бакинской бухты, в посёлке Шихово в Азербайджане. Существующее ныне сооружение возведено в 1998—1999 годах на месте одноимённой мечети, построенной во второй половине XIII века ширваншахом Абу-л-Фатх Фаррухзадом[2], впоследствии неоднократно достраивавшейся (последний раз в 1911 году) и полностью разрушенной в 1936 году, во время «безбожной пятилетки», когда религия в СССР подверглась попытке полного искоренения.

Биби-Эйбатский комплекс, в который, кроме мечети, входят усыпальницы и захоронения значимых людей, является одним из значительных памятников исламского зодчества Азербайджана. Мечеть, в старину называвшаяся «мечетью Фатимы», привлекала внимание исследователей и путешественников. В своё время её посетили писатели Аббаскули-ага Бакиханов, Хуршудбану Натаван, Александр Дюма, востоковеды Николай Ханыков, Илья Березин, Борис Дорн, Евгений Пахомов.

Своё существование храм начал как одна из четырёх приписных церквей и часовен бакинского Александро-Невского собора. Вторая Бакинская церковная школа с домовым храмом располагалась в районе Кани-Тапа, население в котором стало расти после появления в городе железной дороги. О строительстве храма и школы с 1893 года ходатайствовал настоятель Александро-Невского собора, благочинный Баку протоиерей Александр Юницкий. В 1894 году он представил городской Думе проект комплекса, составленный бакинским архитектором Иваном Эделем. 22 августа 1895 года проект был утверждён, для его осуществления был выделен участок земли в количестве 1 тыс. кв. саженей.

Духовное училище в русско-византийском стиле было сооружено в 1896 году на Станиславской улице (ныне — проспект Азадлыг) неподалеку от вокзала Закавказской железной дороги. Храм при нем был освящён 27 апреля в честь Рождества Пресвятой Богородицы (в этот праздник, 8 сентября 1895 года по старому стилю, состоялось освящение участка земли и закладка церкви). Строительство велось на благотворительные средства, и обошлось в 20 тысяч рублей. Совмещать школьные занятия и богослужения в одном здании было признано неудобным, и уже летом 1896 года был заложен фундамент для постройки отдельного школьного помещения, которое было закончено в сентябре. Ещё спустя месяц капитан 1-го ранга Гавриил Бартошевич и его супруга Варвара Бартошевич передали в дар школе фамильную икону Рождества Пресвятой Богородицы, по преданию обнаруженную в реке Неве в 1814 году.

В 1906 году при церкви находилось уже две школы — двухклассная и одноклассная, однако церковь ещё считалась приписной[3]. Впоследствии она стала самостоятельной. Кроме того, в 1903 году был согласован перенос звонницы церкви[2].

Церковь была построена по типовому проекту военных храмов, утверждённому Строительной комиссией в 1901 году (архитектор Фёдор Михайлович Вержбицкий). Всего в Российской Империи к 1917 году было выстроено не менее 64-х таких церквей. Данный храм для 206-го пехотного Сальянского полка (до 1910 года именовавшегося 262-м пехотным), расквартированного в Баку, был заложен 6 Мая 1908 года, выстроен целиком на средства Военного министерства и торжественно освящён 6 декабря 1909 года. До этого полк использовал старую полковую Михаило-Архангельскую церковь в центре города, также сохранившуюся доныне. С 1890 года священником этого полка являлся Иоанн Виссарионович Лиадзе (сведения на 1914 год).

В советский период храм был закрыт одним из первых, в 1920 году. Сначала в нём располагался склад, а затем спортивный зал.

В дни январских событий 1990 года в колокольню храма попали два снаряда, по причине чего она частично была разрушена, пол просел, стены потрескались, а кровля обвалилась. В 1991 году полуразрушенное здание храма было передано Русской Православной Церкви.